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みんなの広場

研究

2022.06.16

abundance_estimates_to_matrix.plのエラー

イトウさま

お世話になります。
RNA seqの発現解析を行いたく、貴webサイトを拝見させていただいております。
RSEMとbowtie2を用いてリードカウントを行いました。
これにより得られた.gene_trans_mapファイルとRSEM.isoforms.resultsを用いてabundance_estimates_to_matrix.plを実行してリードカウントのマトリクスを得ようとしました。しかし、途中でエラーが出てしまい困っております。
実際のコマンドは
abundance_estimates_to_matrix.pl \
--est_method RSEM \
--gene_trans_map ../Sculpin_Testes/*/*.fasta.gene_trans_map \
--name_sample_by_basedir \
--quant_files ./list_results.txt

で、エラーメッセージは
Error, no TPM value specified for transcript [TRINITY_DN0_c0_g1_i6] of gene [TRINITY_DN0_c0_g1] for sample RSEM_outdir_Asa20183-1_Tes at /Users/takeshiito/trinityrnaseq-v2.14.0/util/abundance_estimates_to_matrix.pl line 323.
です。
実行中、-reading fileはうまくいっております。

解決に向けてご教授いただけましたら幸いです。
よろしくお願いいたします。

2022.06.16

1. 尾崎克久(昆虫食性進化研究室)

エラーメッセージを見ると、ディレクトリーの指定がうまくできていない場合に起きるものではないかと思います。「TRINITY_DN0_c0_g1_i6」というcontigに対するTPMの値が特定されていないとなっています。

コマンドの中で記述しているディレクトリーやファイル名、プロトコールの中で作成している「list_results.txt」の中のディレクトリーの記述やファイル名が正しいか、など、関連する所をご確認頂くと解決できるかもしれません。

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