ラボ日記
2023.06.15
生物実験に使われる数理モデルのプログラム講習会
6月も中旬で気温も高くなってきました。来たる6月17日の土曜日に、生物実験に使われる数理モデルを動かすためのプログラミングの講習会をJT生命誌研で行います。現地での参加は予約制で、オンラインでの視聴は予約不要で楽しめます。興味がございましたら参加いただけると嬉しいです。また、この講習会に合わせて、ラボのWebページに数理モデル関連のページを作成しました。講習会の当日は、このページにリンクしてある私が作成したWebページを用いてプログラミングを実演する予定です。生物学の研究で使われる数理モデルがどのようなものでどのようにして動いているのか少しでも理解の助けになれば幸いです。
生物学の実験として数理モデルを用いる方法は、最近ではよく使われるようになっていますが、私が学生の頃はまだ限られたところでしか使われていませんでした。しかし、近年の測定技術の向上により観察できる生命現象の複雑化に伴って、生物を簡略化して捉えることができる数理モデルが多くの分野で使われるようになってきました。そして、ここ数年は人工知能(AI)技術の発展も加わって、生物学の実験として数理モデルを用いる手法の認知度がかなり上がってきたと感じています。数理モデルを動かすために使われるプログラミングは、最近話題の生成AIと相性が良いので、生成A Iの目覚ましい発展により、生物学の実験に使われる数理モデルもより発展が促進されると考えます。これにより、数理モデルをプログラミングしてコンピュータで動かすためのハードルが下がり、生物実験の研究者もプログラミングして実験の解析を進め易い環境が整ってきているのではと思います。現在の生物実験では大量のデータを扱うことが多くなってきているので、そのデータをうまく処理できるように、生物実験をすると共にプログラミングして解析と検証をする能力が必要になる時代が来るのかもしれません。
生物学の実験として数理モデルを用いる方法は、最近ではよく使われるようになっていますが、私が学生の頃はまだ限られたところでしか使われていませんでした。しかし、近年の測定技術の向上により観察できる生命現象の複雑化に伴って、生物を簡略化して捉えることができる数理モデルが多くの分野で使われるようになってきました。そして、ここ数年は人工知能(AI)技術の発展も加わって、生物学の実験として数理モデルを用いる手法の認知度がかなり上がってきたと感じています。数理モデルを動かすために使われるプログラミングは、最近話題の生成AIと相性が良いので、生成A Iの目覚ましい発展により、生物学の実験に使われる数理モデルもより発展が促進されると考えます。これにより、数理モデルをプログラミングしてコンピュータで動かすためのハードルが下がり、生物実験の研究者もプログラミングして実験の解析を進め易い環境が整ってきているのではと思います。現在の生物実験では大量のデータを扱うことが多くなってきているので、そのデータをうまく処理できるように、生物実験をすると共にプログラミングして解析と検証をする能力が必要になる時代が来るのかもしれません。
藤原基洋 (奨励研究員)
所属: 細胞・発生・進化研究室
生物の形作りにおける物理背景、特に力学に興味があります。力学を基にした数理モデルを構築し、コンピュータ上でクモ胚の形態形成を再現することで、生物の形作りのルールを見つける研究を行っています。