細胞・発生・進化研究室

BRHデータベースポータルサイト

Databases of Genome-based Research on Spiders/Butterflies/Insects/Arthropods/other animals

BRHの研究で創出されたデータを検索可能な形でデータベース化しています。特に、オオヒメグモのゲノム及び転写産物の配列データは豊富です。ほとんどのデータは公共のデータベースに登録し、論文として公表済みですが、一部に未発表のデータが含まれます。未発表データの利用に関しては当研究室にご相談ください。

日本産オオヒメグモのデータベース

Pt_spiderBASE

日本産のオオヒメグモの5'末端EST解析のデータや実験プロトコールなどを含んでいます。

ドイツ産オオヒメグモのゲノムデータベース

Pt_spider Genome & Transcripts Data BASE

ドイツ産オオヒメグモのゲノムプロジェクトが完了しており、ゲノム及び転写産物の配列が利用できます。ドイツ産のオオヒメグモのゲノムは日本産のオオヒメグモのゲノムと配列にほとんど差異はなく、リファレンスゲノムとして問題なく活用できます。転写産物の検索結果がゲノムブラウザーへリンクします。NCBIのRefSeq情報にもリンクします。日本産のオオヒメグモで取得した胚発生段階ごとのRNAseqデータ (Iwasaki-Yokozawa et al., 2018) がゲノムブラウザーでご覧になれます。

節足動物ゲノム/RNAデータベース

BLAST against arthropod genome/RNA databases

オオヒメグモに加えて、フナムシとヤマトヌマエビのゲノムとトランスクリプトームの配列検索ができます。当研究室で取得したNGSデータはすべてDDBJ/GenBankに登録しています。各データはNCBIのサイトにリンクを貼っています。